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HACCP的認證流程從大的方面來說，分為三個階段：認證申請、認證準備和審核階段。其中，審核階段的話，分的比較細，有第一階段審核，第二階段審核，還有跟蹤審核。

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1、認證申請。需求企業(yè)向認證中心提出認證申請，并按照申請書要求提供相關資料，包括營業(yè)執(zhí)照復印件等相關文件資料;認證機構受理認證申請，進行合同評審。
2、認證準備。需求企業(yè)與認證機構商定現(xiàn)場審核時間，并明確認證要求，確定需求企業(yè)是否滿足HACCP認證的申請條件，具體怎么樣才能滿足HACCP認證的條件。明確這些信息之后，申請組織應在現(xiàn)場審核前1個月提交相關文件，包括法律文書、質量手冊等附件資料;審核中心組建審核組，并與申請組織確認審核組成員和審核時間。
3、審核階段。審核階段又為三個步驟。
第一階段的審核，審核組根據(jù)標準要求進行文件審核和現(xiàn)場，了解申請組織的基本情況、體系策劃與運行情況，確認第二階段審核的準備情況。若文件審核中發(fā)現(xiàn)不符合之處，請申請組織予以糾正，審核組在第二階段審核時進行確認。
第二階段審核：審核組依照審核計劃對申請組織進行現(xiàn)場審核，驗證管理體系與審核依據(jù)的符合性及實施的有效性。
經過這兩個階段的審核，重要之處在于，得出需求企業(yè)最關注的問題了，HACCP認證的審核結論是什么——是否推薦注冊。
當然了，這其中很重要的部分，就是跟蹤審核，這是一個不斷糾正的過程，也是體現(xiàn)審核機構是否專業(yè)的地方了。
跟蹤審核中重點關注這幾個地方，首先，現(xiàn)場審核后，申請組織應對不符合項采取有效的糾正措施，并向認證機構提交糾正措施及整改的證明材料;之后，需求企業(yè)需要注意的是，申請組織的糾正措施應在審核結束后三個月內完成，否則不予推薦;最后，審核組對申請組織進行書面或現(xiàn)場跟蹤審核后，糾正措施的有效性經驗證符合要求后上報審核部。經過這些HACCP認證流程之后，那就可以注冊發(fā)證了。