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?【推文匯總】GO和KEGG富集分析及可視化
今天我們繼續(xù)來聊功能富集分析，KO富集分析。KO是KEGG ontology的縮寫。KO數(shù)據(jù)庫（https://www.genome.jp/kegg/ko.html）中的每一條記錄用一個唯一的KO號進行標識。例如ko05200代表的是pathway in cancerhttps://www.genome.jp/pathway/ko05200

看上去是不是跟人的pathway in cancer很相似，KO通路里面的每一個節(jié)點用一個唯一的K開頭的ID號來標識，表示一個蛋白。

KO數(shù)據(jù)庫基于同源基因具有相似功能的假設，把基因的功能進行了擴充。對于某個物種中功能研究的很清楚的基因，在不同的物種間搜尋該基因的同源基因，將這些同源基因定義為一個orthology, 用該基因的功能作為該orthology 的功能。這樣就將對于不同物種基因功能的研究都利用起來，提供了一個全面的研究基因功能的數(shù)據(jù)庫。

那么如果我們手上有一個K開頭ID的列表，怎么對其進行富集分析，找到顯著富集的通路呢？其實還是很簡單的，還是用前面KEGG富集分析用到的clusterProfiler包進行分析

??KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

??【R語言】circleplot展示KEGG富集分析結果

??R繪制KEGG富集弦圖

?【R】氣泡圖和柱形圖展示挑選的KEGG通路

富集分析結果表

富集分析柱形圖

富集分析氣泡圖

后臺回復"KO"獲取KO_list.csv文件