2021哈佛大學生物信息學與計算生物學（全175集）—— 中英雙字
2023-07-05 09:33 作者:戰(zhàn)爭之后 | 我要投稿
Expression index:
RPKM/FPKM : correct for gene length and sample depth ; the number between different sample is not comparable. Divided by sample depth first then by gene length.
TPM: correct for gene length and sample depth ; the number between different sample is not comparable. Divided by gene length first then by sample depth.
RSEM : provide transcript-level gene expression calculated on effective transcript length.
Isoform
可以看到，從isoform 1 和 2 特有的區(qū)域（最左邊和中間）可以推斷 1 和 2 的表達。isoform 3 沒有特有的區(qū)域，需要減去1和2 的表達。
Pseudoalignement: kallisto and Salmon
好像是和 transcript annotation files 比對，直接找到可以對的上的序列。比RSEM 準確度低但是速度快。因為RSEM 好像是比對全基因組？
輸出樣例：
標簽：
