ggplot2繪制火山圖
爾云間? 一個專門做科研的團隊
??
今天我們學習通過ggplot2來繪制火山圖，并且添加基因標簽
代碼如下：
1、?下載所需要的R包
install.packages(“ggplot2”)
install.packages(“tidyverse”)
install.packages(“ggrepel”)
install.packages(“cowplot”)
2、導入需要的R包
library（ggplot2）
library(tidyverse)
library(ggrepel)
library(cowplot)
3、示例數(shù)據(jù)
4、代碼展示
#讀取數(shù)據(jù)
df <- read.csv("easy_input_limma.csv", header = T)
#判斷基因上調(diào)還是下調(diào)
df$group<-case_when(df$log2FC< -1 & df$PValue <0.05 ~"Down",
??????????????????? df$log2FC > 1 & df$PValue <0.05 ~"Up",
??????????????????? df$PValue >= 0.05 ~"no_signf",
??????????????????? abs(df$log2FC)<= 1 ~"no_signf")
#確定上下調(diào)基因因子順序
df$group<-factor(df$group,levels=c("Up","Down","no_signf"))
#畫基因標簽的候選基因篩選
df1<-filter(df,log2FC>9)
#ggplot2開始繪圖
ggplot(data=df,aes(x=log2FC,y=-log10(PValue)))+
geom_point(aes(color=group),
?????????? size=4)+
#畫水平線
geom_hline(yintercept = -log10(0.05),
?????????? linetype="dashed",
?????????? color="grey30")+
#畫垂直線
geom_vline(xintercept = c(-1,1),
?????????? linetype="dashed",
?????????? color="grey30")+
#添加基因標簽
geom_text_repel(data=df1,
??????????????? aes(x= log2FC,y= -log10(PValue),label= gene_id))+
scale_color_manual(values = c("#FF9999","#99CC00","grey80"))+
theme_half_open()
推薦閱讀
JASPAR——可預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子DNA結(jié)合蛋白結(jié)合識別位點的數(shù)據(jù)庫
關(guān)注小果，小果將會持續(xù)為你帶來更多生信干貨哦。
