SSR引物？Indel引物？批量設(shè)計(jì)也來了~
寫在前面
早前，「TBtools」開放了 SSRminer 功能，可以快速在全基因組范圍內(nèi)鑒定 SSR，這個(gè)在分子標(biāo)記開發(fā)上似乎還是有點(diǎn)作用。前兩天，咱們也釋放了「Batch qPCR Primer Design」這個(gè)功能，可用于批量對轉(zhuǎn)錄本序列（mRNA/Exon/CDS）進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，感覺還是不錯(cuò)的。尤其是現(xiàn)在很多人一做就是幾十個(gè)基因。既然如此，我們也完全可以針對 SSR 所在區(qū)域設(shè)計(jì)引物，用于分子標(biāo)記開發(fā)。對吧，這個(gè)邏輯沒啥問題。而 SSR 可以，那么 Indel 區(qū)間也可以。于是有了今天這個(gè)插件「Batch Target Region Primer Design」。
插件簡介
「Batch Target Region Primer Design」的使用與「Batch qPCR Primer Design」的使用是類似的，最大的區(qū)別，那么是輸入文件。對于今天這個(gè)插件，我們需要的輸入文件是兩個(gè)：
參考序列信息（具體看目標(biāo)區(qū)間從啥序列鑒定出來），F(xiàn)asta格式，用于獲取目標(biāo)區(qū)間的序列
目標(biāo)區(qū)間信息，格式為?
ChrID \t StartPos \t EndPos；對于SSR區(qū)域，用戶完全可以使用「TBtools」的 SSRminer 功能得到；而對于 Indel 或者其他區(qū)間，則按相應(yīng)格式整理即可。注意到，最重要的，其實(shí)只是前三列。
具體界面如下
注意到，不是每一個(gè)區(qū)間都能設(shè)計(jì)到可用的引物。只輸出能設(shè)計(jì)出合適引物的引物序列。
具體使用如下
結(jié)果文件如下，與之前的類似
拓展內(nèi)容
事實(shí)上，只要是引物，我們就可以用「Primer Check」插件功能，查看引物是否能較好的擴(kuò)增或者是擴(kuò)增的產(chǎn)物在當(dāng)前材料中是否特異。
先把引物的表格格式轉(zhuǎn)換為 Fasta 格式。
隨后使用「Primer Check」進(jìn)行引物查找
寫在最后
Emmm，路漫漫其修遠(yuǎn)兮....很多功能，一個(gè)一個(gè)釋放吧。
