無(wú)序示例-苯環(huán)二重?zé)o序
近日，筆者測(cè)試了一個(gè)晶體，利用集成于Olex2[1]中的ShelXT[2]以Intrinsic Phasing方法求解結(jié)構(gòu)，并用SHELXL[3]以最小二乘法精修至收斂，最終結(jié)果如圖1所示，R1 = 5.12%，wR2 = 12.07%，指標(biāo)非常不錯(cuò)。
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并且PLATON[4]結(jié)構(gòu)驗(yàn)證也顯示沒有AB級(jí)警報(bào)，如圖2所示。
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不過(guò)從圖1可以看出，距離取代基越遠(yuǎn)的苯環(huán)碳原子，其橢球形變?cè)絿?yán)重，并且有大量Q峰在苯環(huán)附近，而結(jié)構(gòu)中其他原子的橢球均無(wú)明顯拉長(zhǎng)的形變，而是比較接近球形，這些跡象表明該苯環(huán)可能存在無(wú)序。于是對(duì)該苯環(huán)進(jìn)行繞環(huán)外原子的位置無(wú)序處理，并以SIMU指令對(duì)所有無(wú)序原子的各向異性位移參數(shù)（溫度因子）進(jìn)行限制，以SAME指令將兩個(gè)組分的1,2-和1,3-距離限制為相似，最終結(jié)果如圖3所示，R1從處理前的5.12%降為處理后的4.75%，而wR2從處理前的12.07%降為處理后的10.48%，并且該苯環(huán)的所有碳原子橢球均較為正常，不再有異常形變拉長(zhǎng)，苯環(huán)周圍也沒有什么Q峰了。
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結(jié)語(yǔ)
本案例中的苯環(huán)雖說(shuō)不按無(wú)序處理，R因子也已經(jīng)非常漂亮，且已達(dá)到一般都能夠接受的無(wú)AB級(jí)警報(bào)，不過(guò)進(jìn)行進(jìn)行簡(jiǎn)單的二重?zé)o序處理，不僅可以進(jìn)一步降低其R因子，而且也使得相關(guān)原子的橢球變得更合理漂亮?？偟膩?lái)說(shuō)，嫌麻煩的話，也可以不處理，這是一個(gè)偷懶與否的問(wèn)題。
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參考文獻(xiàn)
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