腫瘤新抗原（Neoantigen)是由腫瘤細胞突變基因編碼的新生抗原。主要由基因點突變、刪除突變、基因融合等產(chǎn)生的與正常細胞表達的蛋白不一樣的新的異常蛋白。這些蛋白經(jīng)過酶解之后形成的多肽片段，作為抗原經(jīng)過DC細胞遞呈給T細胞，可促使T細胞變?yōu)樘禺愋缘刈R別腫瘤新抗原的成熟活化T細胞，并使這些活化的T細胞數(shù)量增殖。新抗原為腫瘤特異性抗原，正常組織不表達，并且無中樞性T細胞耐受性，是近年來腫瘤抗原領(lǐng)域最受矚目的抗原類別。利用腫瘤新抗原的免疫活性，人們可以根據(jù)腫瘤細胞突變的情況設(shè)計合成新抗原疫苗，對患者進行免疫注射，達到治療的效果。

使用方法：

Rscript?TCIA.R????-neoantigensData=???-phenotype=

參數(shù)說明：

USAGE:

TCIA.R?-neoantigensData=-phenotype=

PARAMETERS:

-neoantigensData???the?neoantigen?data,the?first?column?is?sample?name,the?second??column?is?gene?symbol,the?third?column?is?peptide,input?tsv?format.

-phenotype???the?sample?classification?labels?,the?first?column?is?sample?name?which?is?consistent?with?neoantigensData?column?in?order,the?second?column?is?the?classification?labels,?input?tsv?format.

操作步驟：

1、打開命令行界面，輸入“Rscript?TCIA.R”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容，對參數(shù)進行設(shè)置。這里，必須輸入?yún)?shù)有2個，分別是-neoantigensData，表示新抗原數(shù)據(jù)，第一列是樣本名稱，第二列是基因符號，第三列是肽，輸入tsv格式；-phenotype表示樣本表型信息，包含兩列，第一列為樣本名稱，必須包含于或等于新抗原數(shù)據(jù)的樣本，第二列為對應(yīng)的表型。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個程序即正式開始進入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會顯示”Program?execution?is?completed<span data-raw-text="" "="" data-textnode-index-1668559011678="16" data-index-1668559011678="1038" data-textnode-notemoji-index-1668559011678="1038" class="character" style="margin: 0px; padding: 0px;">"結(jié)束語。

結(jié)果展示：

共輸出一個表格txt格式文件，兩個pdf格式的圖片文件

TCGA-LUAD.num_antigene_box.pdf

TCGA-LUAD.num_antiprotein_box.pdf

TCGA-LUAD.num_anti.txt

特別說明：本代碼經(jīng)申請軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

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寫在文末：

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