使用markdown，knitr和pandoc在R語言中編寫可重現(xiàn)的報告
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您有了一些代碼，數(shù)據(jù)和一個不錯的結(jié)果，現(xiàn)在需要與您的協(xié)作者（或主管）進行交流了。你該怎么做？
在本指南中，我們想向您展示如何使用現(xiàn)在提供的一些奇妙，免費的工具和軟件包編寫美觀，可重復(fù)的報告。這些工具將幫助您交流科學(xué)知識，并希望您再也不會復(fù)制和粘貼R輸出。
首先，讓我們回顧一下進行良好分析的關(guān)鍵組成部分：
數(shù)據(jù)
用于分析數(shù)據(jù)的代碼
代碼生成的圖表
文本，解釋圖形和結(jié)果，并描述方法。
這些元素以報告的形式合并在一起。作為科學(xué)家，我們寫了許多大小報告。像紙張這樣的大型報告很少見，但是我們一直在編寫較小的報告。這些包括在項目生命周期內(nèi)編寫的所有初步結(jié)果，每周更新，帶有數(shù)字的電子郵件以及自己的筆記。傳統(tǒng)上，大多數(shù)生物學(xué)家會在R中執(zhí)行階段2和3，然后啟動Word或Powerpoint并復(fù)制粘貼階段4的所有內(nèi)容。這是可行的，但是這種方法有一些缺點：
浪費大量時間，加上復(fù)制和粘貼很爛
您的解釋與代碼分開
Word不提供語法高亮顯示功能，因此很難讀取以這種方式顯示的代碼，
在版本控制下無法很好地跟蹤Word文檔
如果不進行所有復(fù)制和粘貼操作，則無法重新生成報告。
值得慶幸的是，現(xiàn)在有一個更好的方式來寫報告，用包??knitr，并稱之為通用文檔轉(zhuǎn)換程序??pandoc?，F(xiàn)在還可以將您的解釋（階段4）與R代碼（階段2）和結(jié)果（階段3）結(jié)合起來，以生成美觀，獨立且可重復(fù)的報告。這些共同為希望節(jié)省時間和進行可重復(fù)研究的科學(xué)家提供了強大的工具集。
為什么要使用Markdown？
此Markdown的目標(biāo)是“?在可行的情況下盡可能易于閱讀和編寫?”。實際上，它是應(yīng)用于純文本文檔的一組簡單的格式設(shè)置命令，可以輕松地將其轉(zhuǎn)換為格式精美的html，pdf或word docs。但不像??html，??rtf，??latex，或幾乎任何其他標(biāo)記文本，Markdown是非常具有可讀性。并且由于使用??純文本，因此文件很小，并且可以在各種設(shè)備上輕松編輯。
作為科學(xué)家，我們不僅撰寫論文，而且還撰寫筆記，代碼，電子郵件，提醒，待辦事項列表，博客文章等。不僅如此，我越來越多地使用markdown進行筆記和報告寫作。
因為它是純文本，所以您可以在任何程序中編寫markdown。但是，最好的測試編輯器還允許您以格式化的html格式查看代碼。
Markdown文檔通常以extension?.md或? 結(jié)尾??.markdown。
RMarkdown
Markdown被證明非常有用，以至于許多不同的編碼小組都采用了它，但同時也增加了自己的“風(fēng)味”。到目前為止，我們了解以下內(nèi)容：
原始Markdown
github風(fēng)格的markdown，
PandocMarkdown，以及
multimarkdown。
這些中的每一個都提供一組稍微不同的功能。
RStudio實現(xiàn)了一種稱為“ RMarkdown”（或RMarkdown）的東西。此外，它包括“代碼塊”，這些代碼塊將由R運行。這些代碼如下所示：
```{r}mean(1:10) # or some other code```
產(chǎn)生：
```mean(1:10) # or some other code``````## [1] 5.5```
Markdown會像這樣渲染：
mean(1:10) # or some other code## [1] 5.5
?
R markdown在Rstudio中使用，并允許將R代碼與文本段一起編入。以R markdown編寫的文件具有擴展名??.Rmd。
將R markdown視為可以編譯??為上述markdown變體之一的東西? 。
?
knitr?報告
該??knitr?軟件包的編寫是在單個文檔中結(jié)合了RMarkdown和R代碼的元素? 。從一個例子開始。
打開Rstudio并安裝Knitr軟件包
install.packages(knitr)
然后打開??此演示文件??并單擊??knit HTML?按鈕
?
該文件是用RMarkdown編寫的，包括一些文本和代碼。
?
點擊可以??knit HTML?做幾件事
它運行文件中的所有代碼
它會生成一個markdown文件，包括原始文檔的位及其輸出。
它將markdown文檔轉(zhuǎn)換為html。
您還可以使用以下命令從控制臺制作文檔：
library(knitr)library(markdown)knit("example.Rmd") ?# produces the md filemarkdownToHTML("example.md", "example.html") ?# converts an md file to html
?
注意，要使此代碼正常工作，示例文件必須位于您的工作目錄中，或者您需要提供RMD文件的路徑：
knit("myPath/example.Rmd") ?# produces the md file
?
好的，因此您有一個文檔（html文件），您可以在其中記錄您的分析?，F(xiàn)在，只需將示例代碼替換為一些實際的材料，然后您便可以使用。
這種方法的一些好處包括：
禁止復(fù)制和粘貼
一旦有了更多數(shù)據(jù)，新想法等，您的報告就可以輕松更新
因為它們就像其他任何代碼一樣，所以您可以在版本控制下跟蹤knitr腳本。
如果重要的話，可以顯示用于生成結(jié)果的代碼位。
您的分析是完全透明和可重復(fù)的。
人們現(xiàn)在將?knitr?用于各種用途，例如
編寫有關(guān)其數(shù)據(jù)的報告
準(zhǔn)備教程
撰寫博客文章。
?
避免麻煩
我們建議您使用??setwd()?中的腳本。這在這里更重要。在Rmd文件中更改工作目錄將導(dǎo)致麻煩。因此，建議您假設(shè)所有Rmd文件都在項目的根目錄中運行，以使其運行。
顯示和隱藏代碼及輸出
通過為每個代碼塊設(shè)置選項，您可以選擇要包含在虛擬報告中的內(nèi)容。
echo= TRUE：如果要在報告中顯示代碼，FALSE?或者要隱藏代碼，請選擇此項? 。results= "hide"：如果要隱藏運行代碼的結(jié)果，請選擇此選項。eval =FALSE：導(dǎo)致不評估當(dāng)前塊。
有關(guān)這些選項的更多詳細(xì)信息，請參考
有關(guān)Knitr網(wǎng)站的完整文檔? 。
轉(zhuǎn)換為不同的文檔格式
現(xiàn)在，如果要生成其他文檔類型而不是html文件怎么辦？輸入pandoc。
根據(jù)其創(chuàng)建者的說法? ，“如果您需要將文件從一種標(biāo)記格式轉(zhuǎn)換為另一種標(biāo)記格式，那么pandoc是您的瑞士軍刀。它可以讀取各種輸入，包括markdown，reStructuredText，HTML，LaTeX，MediaWiki標(biāo)記和DocBook XML。它可以編寫純文本，markdown，reStructuredText，XHTML，HTML 5，LaTeX（包括投影儀幻燈片），ConTeXt，RTF，DocBook XML，OpenDocument XML，ODT，Word docx，GNU Texinfo，MediaWiki標(biāo)記，EPUB，F(xiàn)ictionBook2，Textile ，groff手冊頁，Emacs Org-Mode，AsciiDoc和Slidy，Slideous，DZSlides或S5 HTML幻燈片放映。它還可以在安裝LaTeX的系統(tǒng)上產(chǎn)生PDF輸出?！薄?/p>
首先，您需要下載并??安裝pandoc。安裝后，您便可以使用pnadoc?knitr軟件包隨附的? 功能將生成的md文件轉(zhuǎn)換為所需的任何格式。例如，要將上面的示例轉(zhuǎn)換為word文檔，我們編寫：
library(knitr)library(markdown)knit("example.Rmd") ?# produces the md filepandoc("example.md", format = "docx") ?# converts md file into docx
?
可重復(fù)的研究
因此，有了它，您便可以使用一組工具在R中進行可重復(fù)的研究。
參考文獻(xiàn)
最受歡迎的見解
1.如何解決線性混合模型中畸形擬合(SINGULAR FIT)的問題
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