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銅死亡從3月份一經(jīng)提出，立馬火遍生信圈，現(xiàn)在過去半年多仍然熱度不減，循著鐵死亡的發(fā)文軌跡，銅死亡中單基因分析、預(yù)后模型構(gòu)建、腫瘤分型、單基因泛癌分析、非腫瘤診斷模型、非腫瘤疾病分型等思路相繼出現(xiàn)···

? ? 在這么多種思路的輪番攻勢下，再想利用銅死亡發(fā)高分就要看疾病創(chuàng)新性（ps：有時候疾病選的好，發(fā)高分的可能性也很大哦！選一些小癌種或者沒有做過銅死亡研究的非腫瘤疾病能達到事半功倍的效果，這個捷徑，悄悄碼住吧）和思路創(chuàng)新性如何了~?~

? ? 不過在這種形勢下，小云竟發(fā)現(xiàn)了一個初看有點反常的文章——8分+的FDX1的單基因泛癌分析，按說FDX1作為銅死亡中研究最早也是最多的基因，單基因分析即使是泛癌也不容易發(fā)到8分+啊。話說，事出反常必有妖，到底是內(nèi)有乾坤還是水文一篇，咱們來一探究竟！

? ? 不看不知道，一看嚇一跳啊，朋友們！還真是內(nèi)有乾坤，竟然是個王炸思路——集合了多組學(xué)泛癌分析（ps：單基因做泛癌分析的不少，但能做到多組學(xué)分析的不多哦）、單細胞數(shù)據(jù)分析和實驗驗證，就這思路創(chuàng)新性和內(nèi)容豐富度，絕對名副其實的8分+！這個思路換個銅死亡基因，反手又是一篇高分文章（ps：不過銅死亡關(guān)鍵基因目前有二十多個，也不算很多，很搶手的哦），下面該怎么做朋友們應(yīng)該曉得了吧？

l?題目：銅死亡關(guān)鍵基因FDX1的多組學(xué)泛癌分析及其在腎透明細胞癌中的作用研究

l?雜志：Front. Immunol.

l?影響因子：IF=8.786

l?發(fā)表時間：2022年12月

數(shù)據(jù)來源

研究思路

? ? 文章首先進行FDX1在轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)、磷酸化和啟動子甲基化水平的表達分析。然后在泛癌中進行FDX1的預(yù)后，免疫浸潤，單細胞分析，腫瘤突變負荷(TMB)、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)、干細胞、腫瘤免疫功能障礙和排斥(TIDE)以及免疫治療相關(guān)的分析。最后，通過腎透明細胞癌(KIRC)組織微陣列免疫組織化學(xué)評估FDX1蛋白表達，并通過在786-O細胞系中的體外實驗，進一步探索了KIRC中FDX1的功能。

主要結(jié)果

1. FDX1在轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)、磷酸化和啟動子甲基化水平的表達分析

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利用TCGA中的RNA-seq數(shù)據(jù)比較FDX1在33種腫瘤中在轉(zhuǎn)錄水平上的差異表達（圖1B）。通過臨床蛋白質(zhì)組腫瘤分析聯(lián)盟(CPTAC)中的蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化組學(xué)數(shù)據(jù)和DNA甲基化數(shù)據(jù)來比較FDX1在腫瘤和正常組織之間蛋白質(zhì)（圖1C）和磷酸化水平（圖1D）上的表達以及啟動子甲基化情況（圖1A）。

圖1?FDX1在轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)、磷酸化和啟動子甲基化水平的表達分析

2. FDX1與預(yù)后、腫瘤突變負荷、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性和干性的相關(guān)性分析

? ? 在LGG和KIRC根據(jù)FDX1表達的50%截斷分組，KM曲線比較FDX1高/低表達之間的預(yù)后（圖2C, D）。隨后在泛癌水平分析了FDX1表達與TMB、MSI和stemness的相關(guān)性（圖2E-G）。

圖2?FDX1的生存分析以及與TMB、MSI和干性的相關(guān)性分析

3. FDX1與免疫浸潤及免疫治療反應(yīng)的相關(guān)性分析

利用TIMER2.0 中的EPIC、MCPcounter、quanTIseq、CIBERSORT-ABS、xCELL和TIMER等算法分析FDX1在33個腫瘤中的免疫浸潤情況（圖3A）。隨后在泛癌水平分析了FDX1和CD274 (PD-L1)?的表達相關(guān)性（圖3B）。在泛癌水平利用TIDE算法預(yù)測FDX1高低組間的ICB響應(yīng)（圖3C）。在免疫治療隊列中利用KM生存曲線分析FDX1高低組間的預(yù)后（圖3D, E）。

圖3?免疫浸潤分析與免疫治療反應(yīng)預(yù)測

4. FDX1的單細胞分析和GSEA分析

? ? 基于單細胞數(shù)據(jù)庫TISCH，分析FDX1在泛癌水平不同細胞中的表達（圖4A）以及在GBM中的分布（圖4B）。在10種癌癥類型中對FDX1高低表達組進行差異基因分析（圖5A），并針對差異基因進行GSEA富集分析（圖5B）

圖4?FDX1的單細胞分析

圖5?GSEA分析

5. FDX1的表達和功能驗證

通過腎透明細胞癌(KIRC)組織微陣列免疫組織化學(xué)評估FDX1蛋白表達（圖6A）。通過在786-O細胞系中的體外干擾FDX1（圖6B, C），探索了KIRC中FDX1促進銅死亡的功能（圖6D）。

圖6?FDX1的表達和功能驗證

文章小結(jié)

這個文章分析思路的亮點就是集合了多組學(xué)泛癌分析、單細胞分析和實驗驗證。單基因泛癌分析本身屬于常規(guī)分析，但加上多組學(xué)內(nèi)容立馬亮眼起來。還有利用單細胞數(shù)據(jù)庫進行單基因單細胞分析，不需再去費勁找公共數(shù)據(jù)集，不需二次分析，一個數(shù)據(jù)庫全搞定！再加上表達和功能驗證實驗，思路創(chuàng)新+干濕結(jié)合=王炸！這個思路趕快學(xué)起來，換個銅死亡關(guān)鍵基因即可復(fù)現(xiàn)！