甲兒已經(jīng)被魔神Z吞噬失去了正常的意識(shí)，面對(duì)這種情況大魔神毅然決定與魔神Z對(duì)拳。

在光子力射線、胸部火焰等必殺的對(duì)決后，魔神Z已經(jīng)進(jìn)化成魔神ZERO，難道這個(gè)曾經(jīng)和平過的世界也將面臨終結(jié)嗎？

此時(shí)曾經(jīng)拒絕魔神化的魔神Z自我意識(shí)與密涅瓦開始了對(duì)話，此時(shí)密涅瓦將阿魯特密斯的駕駛艙與自己的意識(shí)進(jìn)行了光子連接，魔神Z的自我意識(shí)、密涅瓦、沙也加與甲兒再次于意識(shí)世界中見面。

甲兒要求密涅瓦用光子力硫酸颶風(fēng)（能回溯時(shí)間，改變世界線的招數(shù)，前作中改變世界線的關(guān)鍵之一）回溯時(shí)間，拯救所有死去的人、修正已經(jīng)在這個(gè)世界中發(fā)生的錯(cuò)誤。

但是密涅瓦想要對(duì)已經(jīng)被魔神ZERO的甲兒釋放光子力硫酸颶風(fēng)并非易事，還有可能接近魔神ZERO的，應(yīng)該也只有劍鐵也駕駛的大魔神了。

大魔神通過追加裝備——大魔神推進(jìn)器，讓大魔神的力量得到了強(qiáng)化，獲得了4種魔神之力的大魔神進(jìn)化為大魔神凱撒【魔神皇帝G】。

就在手持大劍的大魔神凱撒與魔神ZERO鏖戰(zhàn)時(shí)，在地上趴了很久黑暗大將軍也抓住了復(fù)仇的機(jī)會(huì)與大魔神凱撒完成一波大劍俠之間的配合。

但是受傷的魔神ZERO瞬間恢復(fù)，抓住大魔神凱撒以一擊BREAST FIRE NOVA（機(jī)戰(zhàn)V中魔神ZERO的最后一招）將大魔神凱撒胸部以下的身軀全部燃盡。

只剩半身的大魔神凱撒最后以一擊頭槌，敲開了魔神ZERO的駕駛艙。因?yàn)榇髣P撒的全力奮斗，密涅瓦終于有機(jī)會(huì)對(duì)駕駛艙內(nèi)的甲兒釋放改變世界線的光子力硫酸旋風(fēng)。

發(fā)動(dòng)光子力硫酸颶風(fēng)后，密涅瓦X再度去到了不同的世界里。此時(shí)這個(gè)世界中，大魔神正在與邁錫尼帝國進(jìn)行對(duì)抗。

這個(gè)世界里同樣經(jīng)過了與地獄博士的決戰(zhàn)，但人類僅僅被消滅了一半而已,并且魔神Z已經(jīng)被封印，甲兒也隱藏了自己的行蹤。

在這個(gè)世界線上與邁錫尼帝國對(duì)抗的劍鐵也其實(shí)都是以兜劍造博士為原型的戰(zhàn)斗用克隆人，一位劍鐵也倒下還會(huì)有千千萬萬個(gè)劍鐵也站出來，是名副其實(shí)的“職業(yè)勇者”。而甲兒此時(shí)卻在NASA的TFO研究所工作，順便《UFO魔神古蓮泰沙》中的宇門大介與瑪利亞也出場打了個(gè)醬油。

但是驚人的事實(shí)并不僅僅是如此。原來在前作《真魔神ZERO》的結(jié)局里，魔神Z的光子力射線不但沒有將地獄博士完全消滅，反而將地獄博士送回了一萬年之前的邁錫尼帝國。

地獄博士化身暗之帝王，為了打敗魔神Z，從一萬年之前開始發(fā)展科技，但是開發(fā)到5000年前時(shí)，地獄博士的新能源實(shí)驗(yàn)失敗、幾乎毀滅了整個(gè)邁錫尼大陸，暗之帝王、也就是地獄博士只能在他的老巢巴托斯島繼續(xù)著科學(xué)研究。

隨著時(shí)間的流逝，兜甲兒的爺爺兜十藏出生，但地獄博士發(fā)現(xiàn)他的DNA與兜十藏完全一樣，這個(gè)驚人的巧合表示他們二人是一卵性雙生兒。既然兜十藏與兜甲兒能駕駛魔神Z，讓魔神Z覺醒為魔神ZERO，那么地獄博士應(yīng)該也能使用這股力量。

最終戰(zhàn)的時(shí)候終于到了，科學(xué)要塞研究所全力出擊，暗之帝王化身黑暗大元帥率領(lǐng)邁錫尼戰(zhàn)斗獸出戰(zhàn)。

戰(zhàn)斗中大魔神與黑暗大將軍的對(duì)決中大魔神最終站到了最后，但更令人在意的是魔神Z與黑暗大元帥的情況。就在魔神Z使用魔神之力將地獄大元帥打敗時(shí)，魔神Z卻與黑暗大元帥的本體——地獄博士發(fā)生了融合，地獄博士駕駛著魔神ZERO出現(xiàn)在了眾人面前 ?。?/p>