CheckCIF-PLAT210-218
PLAT210 Type_3 Test for 'all-isotropic adp(s)
No anisotropically refined atoms in CIF ?
CIF中沒有各向異性精修的原子?
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT210.html)
警告原因:CIF中沒有各向異性精修的原子。
解決策略:將所有原子進(jìn)行各向異性精修并重新生成CIF文件,否則需要給出合理解釋。
PLAT211 Type_2 Test for NPD ADP's (1.0) in main residue(s)
This test reports on non-positive definite (i.e. complex and unrealistic) anisotropic displacement parameters in the main residue.
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT211.html)
例:PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C3 is NPD ..................... ?
警告原因:C3原子非正定。
解決策略:如果僅是個別原子不正常,檢查原子類型是否定錯,是否需要無序處理,或采用DELU或者ISOR限制精修;如果整體溫度因子不正常,檢查數(shù)據(jù)質(zhì)量是否足夠高,或者定錯空間群。這個原子如果在結(jié)構(gòu)中不甚重要,可以按各向同性處理,一般不影響發(fā)表。用ISOR命令各向同性,應(yīng)該可以解決。
PLAT212 Type_2 Test for NPD ADP's in anion? & solvent ? [0, 1]
This test reports on non-positive definite (i.e. complex and unrealistic) anisotropic displacement parameters in an anion or solvent residue.
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT212.html)
例:PLAT212_ALERT_2_A ADP of Atom O27 is N.P.D. or (nearly) 2D ... Please Check
警告原因:O27原子非正定。
解決策略:如果僅是個別原子不正常,檢查原子類型是否定錯,是否需要無序處理,或采用delu或者isor限制精修;如果整體溫度因子不正常,檢查數(shù)據(jù)質(zhì)量是否足夠高,或者定錯空間群。這個原子如果在結(jié)構(gòu)中不甚重要,可以按各向同性處理,一般不影響發(fā)表。用ISOR命令各向同性,應(yīng)該可以解決。
PLAT213 Type_2 Test ratio adp max/min in main residue(s)
The main axes values of the ADP(S) of the main residue(s) are determined and ordered: U1 < U2 < U3. The value of SQRT(U3/U1) main axis ADP ratio (Angstrom Units) is tested for the main residue(s). Large values may indicate unresolved disorder. Oblate criterium: U3 - U2 < U2 - U1. Prolate otherwise.
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT213.html)
例:PLAT213_ALERT_2_A Atom O1# has ADP max/min Ratio ..... 8.30 prola
警告原因:O1熱橢球畸變。
解決策略:如果僅是個別原子不正常,檢查原子類型是否定錯,是否需要無序處理,或采用DELU或者ISOR限制精修;如果整體溫度因子不正常,檢查數(shù)據(jù)質(zhì)量是否足夠高,或者定錯空間群。這個原子如果在結(jié)構(gòu)中不甚重要,可以按各向同性處理,一般不影響發(fā)表。用ISOR命令各向同性,應(yīng)該可以解決。
PLAT214 Type_2 Test ratio adp max/min in anion ? or solvent ?
The main axes values of the ADP(S) of the minor residue(s) are determined and ordered: U1 < U2 < U3. The value of SQRT(U3/U1) main axis ADP ratio (Angstrom Units) is tested for the main residue(s). Large values may indicate unresolved disorder. Oblate criterium: U3 - U2 < U2 - U1. Prolate otherwise.
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT214.html)
例:PLAT214_ALERT_2_A Atom O3 (Anion/Solvent) ADP max/min Ratio 7.2 prolat
警告原因:O3原子非正定。
解決策略:如果僅是個別原子不正常,檢查原子類型是否定錯,是否需要無序處理,或采用DELU或者ISOR限制精修;如果整體溫度因子不正常,檢查數(shù)據(jù)質(zhì)量是否足夠高,或者定錯空間群。這個原子如果在結(jié)構(gòu)中不甚重要,可以按各向同性處理,一般不影響發(fā)表。用ISOR命令各向同性,應(yīng)該可以解決。
PLAT215 Type_3 Test for unusual disordered atom ADP in main residue
The maximum and minimum main axis ADP ratio (Angstrom Units) is tested for the main residue. Large values may indicate unresolved disorder.
檢查主要?dú)埢淖畲笈c最小主軸的原子位移參數(shù)(ADP)的比值(單位為埃)。較大的數(shù)值可能表示由未解決的無序。
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT215.html)
警告原因:結(jié)構(gòu)中可能存在無序。
解決策略:如果僅是個別原子不正常,檢查原子類型是否定錯,是否需要無序處理,或采用DELU或者ISOR限制精修;如果整體溫度因子不正常,檢查數(shù)據(jù)質(zhì)量是否足夠高,或者定錯空間群。這個原子如果在結(jié)構(gòu)中不甚重要,可以按各向同性處理,一般不影響發(fā)表。用ISOR命令各向同性,應(yīng)該可以解決。
PLAT216 Type_3 Test for unusual disordered atom ADP in minor residue
The maximum and minimum main axis ADP ratio (Angstrom Units) is tested for the minor residue(s). Large values may indicate unresolved disorder.
檢查次要?dú)埢淖畲笈c最小主軸的原子位移參數(shù)(ADP)的比值(單位為埃)。較大的數(shù)值可能表示由未解決的無序。
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT216.html)
警告原因:結(jié)構(gòu)中可能存在無序。
解決策略:如果僅是個別原子不正常,檢查原子類型是否定錯,是否需要無序處理,或采用DELU或者ISOR限制精修;如果整體溫度因子不正常,檢查數(shù)據(jù)質(zhì)量是否足夠高,或者定錯空間群。這個原子如果在結(jié)構(gòu)中不甚重要,可以按各向同性處理,一般不影響發(fā)表。用ISOR命令各向同性,應(yīng)該可以解決。
PLAT217 Type_1 Test for Incomplete UIJ data
Check & Correct U(aniso) data for completeness etc. Do not use SHELX style '=' continuation line
檢查并更正U(aniso)數(shù)據(jù)的完整度等。不要使用SHELXL格式的'='續(xù)行符。
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT217.html)
警告原因:U(aniso)數(shù)據(jù)不完整。
解決策略:一般不會出現(xiàn),重新精修生成CIF文件即可。
PLAT218 Type_3 Test for Constrained Uij's
Uij components have been constrained (i.e. without s.u.) in the refinement.
Uij組分在精修中被限制(即沒有標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.))。
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT218.html)
警告原因:Uij組分在精修中被限制。
解決策略:一般無需處理,給出合理解釋即可。